故事发生在1926年的纽约，彼时，麻鸡们对魔法师的抵制达到了最高峰，由玛丽露所领导的反魔法组织活动频繁。

与此同时，街头巷尾之中时时发生的种种灾难意外让魔法世界的存在离暴露仅有一线之隔，整个魔法部陷入了空前紧张的气氛之中。

就在这个节骨眼上，环游世界进行着研究神奇魔法动物之行动的魔法动物学家纽特抵达了纽约，他随身携带的魔法手提箱里，装着几十种他一路营救的魔法动物们，而他的一举一动，均处于隶属于魔法部的前傲罗蒂娜的监视之下。

一场意外中，麻鸡雅各布误拿了纽特的手提箱，并且放出了藏在箱子里的魔法动物，为此，纽特、蒂娜、雅各布和蒂娜的妹妹奎妮不得不踏上了寻找魔法动物的旅途。

自此，不得不合作的纽特和蒂娜，以及蒂娜的妹妹奎妮和他们的新麻瓜朋友雅各布，凑成了一支冒险小队，他们必须尽快找到走丢的神奇动物，以免它们遭受不测。

然而，真正的危险，远比这四个上了通缉名单的局外人兼逃犯想象的要严重得多。

他们与黑暗势力产生了正面冲突，魔法和麻鸡两界的战争可能因此一触即发。