2010年,曾经的小学生们已经步入大学,太一、阿和等人步上不同的人生道路(八神太一和石田大和将会成长为22岁),而就在此时,数码宝贝的研究者メノア却告诉他们:“被选召的孩子们”长大成人后,数码宝贝也将随之消失。